目前，毛細管電泳儀分析技術(shù)被藥物分析工作者在藥品檢驗領(lǐng)域迅速推廣應(yīng)用。藥物分析大致可以分為兩部分:
 

　　一、原藥的定量、原藥中雜質(zhì)的測定、藥劑分析以及對它們穩(wěn)定性的評價等以藥品質(zhì)量管理為目的的測定方法。這些方法要求有良好的選擇性、適當(dāng)?shù)姆治鲮`敏度和可靠的準確度等;
 

　　二、對進入人體內(nèi)的藥物或代謝物的吸收、分布、代謝、排泄等體內(nèi)動態(tài)的研究，即臨床藥物分析。這兩部分的測定一般需要分離和檢測手段相結(jié)合。
 

　　1、CE在藥物制劑分析中的應(yīng)用
 

　　藥物制劑中成分復(fù)雜，除含有有效成分外，往往還含有一些有效成分的穩(wěn)定劑或保護劑，一般幾毫克的有效成分需要幾十毫克的基體。
 

　　CE法具有能排除高含量復(fù)雜基體干擾、檢測痕量成分的能力，且樣品只需經(jīng)簡單預(yù)處理即可分析其有效成分含量，現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于片劑、注射劑、糖漿、滴耳液、乳膏劑及復(fù)方制劑等各種劑型中主藥成分的定量測定。
 

　　2、CE在藥物雜質(zhì)檢查中的應(yīng)用
 

　　藥物合成中帶入的雜質(zhì)和藥物的降解產(chǎn)物通常與藥物有相似的結(jié)構(gòu)，而且一般含量很低。CE作為藥物的雜質(zhì)痕量組分分析方法，具有多組分、低含量和同時分離分析能力，故可以用毛細管電泳作為藥物雜質(zhì)的檢測手段。
 

　　CE也可以用于藥物生產(chǎn)過程控制與檢測，以保證藥物質(zhì)量，提高工藝水平。己有文獻報道用NACE法測定己烯雌酚片及其降解物;CE法定量分析鹽酸羅匹尼羅及其潛在雜質(zhì);
 

　　CZE法分析伊班磷酸鹽及其相關(guān)雜質(zhì);CZE和CITP法檢測高舍瑞林中縮氨酸和反離子物質(zhì)的含量;CZE法定量檢測半胱胺鈉磷酸鹽中的雜質(zhì)。